Zilina est l'une des plus anciennes villes de Slovaquie. On peut suivre son destin depuis le début du 13éme siècle grâce aux documents conservés. Cela ne signifie pas pour autant que le peuplement de Zilina et de ses environs date seulement de cette époque. En effet, les recherches archéologiques prouvent que cette région était déjà peuplée au Paléolithique, c'est à dire la plus ancienne époque de l'âge de pierre. En ce qui est de la localité de Zilina, on peut situer l'habitat - Wurm 3 - dans la période située aux environs de 20 000 ans avant J.-C. Les découvertes d'échantillons de la plus ancienne culture des Slaves sur le territoire de l'actuelle ville de Zilina ont une grande importance non seulement pour la propre connaissance de l'histoire de la ville, mais surtout pour démontrer le lien entre le peuplement de la région de Zilina, et l'arrivée des premières tribus slaves. Les découvertes archéologiques prouvent que la présence des premiers slaves à Zilina et ses environs date déjà du 5éme et 6éme siècle. Au 9ème siècle, à l'époque de la Grande Moravie, le centre du bassin était occupé par un ouvrage fortifié. On en trouve encore des restes sur la crête de la Grande Montagne, non loin du village de Divinka. Le territoire de Zilina est mentionné pour la première fois dans un document de 1208 écrit en latin, sous le nom de Terra de Selinan.
Au 13ème siècle, c'est d'abord un hameau, puis plus tard, un village, qui porte les noms Zilna et Terra Silna. Le centre de cette ancienne Zilina se trouvait probablement non loin de l'actuelle église Saint Etienne. Il s'agit de la plus ancienne architecture conservée sur le territoire de la ville dans la commune de Zavodie. Zilina en tant que ville, a été mentionnée pour la première fois en 1312. En 1321, le roi hongrois Charles Robert (Karol Robert) confirma les privilèges de ville avec le droit de tenir un marché et de percevoir le péage. Conformément à la coutume de Budin, la ville a reçu, en 1357, le droit d'organiser des foires. En 1379, les habitants de Zilina ont abandonné le droit de Tesin et ont accepté l'obligation du droit de la ville de Krupina. De la même année date le cachet des armes de la ville de Zilina.
Au début du 14ème siècle des allemands de Tesin ont immigrés à Zilina. Ils ont commencé par éloigner la population autochtone des fonctions dirigeantes de la ville. Ce litige allemand a été résolu en 1381 par le roi Louis 1er (Ludovit 1), dans son grand document Privilegium Pro Slavis. Il a été décidé que le nombre de slovaques au conseil municipal correspondrait à celui de la représentation des allemands. Le Privilégium est un document de valeur culturelle et historique, ayant son importance en Europe Centrale. Il est conservé en copie (il est écrit en latin, ses dimensions sont de 41 x 17 cm). Ce monument culturel national est déposé aux archives départementales du district de Zilina. Dans le même établissement est déposé le livre de Zilina datant des années 1378-1524 ou 1561. C'est le plus ancien ouvrage linguistique et juridique qui existe en Slovaquie.
En 1405 le roi Sigismond de Luxembourg (Zigmund Luxembursky) a élevé Zilina au rang de cité royale libre et a ordonné sa fortification. Malgré ces privilèges, la ville restait toujours sous la domination des nobles de Strecno (village et château à 12 Km au sud-est de Zilina). Au Moyen âge, Zilina devint un centre de marchés et d'artisanat. Lorsque fut crée la route principale reliant Kosice en Slovaquie de l'est à la Silésie, via Zilina, l'importance de la ville grandit et cela après 1364.
En 1542 fut crée à Zilina une Académie. Cette école d'enseignement de type secondaire élargi a permis à la ville de devenir l'un des premiers centres du mouvement de la Réforme en Haute Hongrie.
En 1685, les Jésuites et les Franciscains presque 20 ans plus tard arrivèrent à Zilina. Les Jésuites ont créé un lycée ( en 1691) et au 18ème siècle, ces deux ordres religieux ont fait construire des couvents baroques avec des églises.
Le 4 janvier 1849, les unités volontaires slovaques (formées pendant les événements de 1848-1849) visitèrent la ville. Ce jour là, sur la place du marché, les membres du premier Conseil National Slovaque prirent la parole dont Ludovit Stur (1815-1856) principal civilisateur national slovaque, politicien, écrivain, philosophe, historien, linguiste, codificateur de la langue littéraire slovaque et Josef Miloslav Hurban (1817-1888), idéologue, important représentant de la renaissance national slovaque, écrivain et poète.
En 1871 après la construction de la voie ferrée de Kosice à Bohumin et à Bratislava (1883), Zilina est devenue un important noeud ferroviaire, ce qui a stimulé le développement de l'industrie et la croissance de la ville. En 1891, la plus grande draperie de Hongrie commença à travailler (actuellement elle porte le nom de Slovena). Après vient s'ajouter l'usine chimique Hungaria (en 1893), l'entreprise d'électricité Hélios (en 1896), l'usine de cellulose et la goudronnerie.
En 1903, l'exposition industrielle de la Haute Hongrie s'est tenue à Zilina. L'industrie développée au 20ème siècle a fait de Zilina un important centre industriel de Slovaquie. La ville se trouve aux croisements importants de voies ferrées, routes et transport aérien intérieur. Ces changements ont vivement influencé le grand développement de la ville, mais le noyau historique a gardé une vive activité commerciale. Zilina est actuellement considérée comme une ville historique, un important centre économique, culturel et touristique de Slovaquie.