L'existence de l'homme sur ce territoire depuis l'ère primitive est attestée par l'archéologie.
Au 4ème siècle avant J.-C., de nouveaux habitants, les Celtes, se sont établis sur le territoire sud-ouest de la Slovaquie. De cette période sont conservés des vestiges historiques précieux, de même que plus d'un millier de pièces d'or et d'argent, les "biatecs". Imitations des pièces grecques, elles sont les témoins silencieux du haut niveau de la civilisation de la population celte. Le territoire de la ville actuelle de Bratislava fut successivement peuplé et formé par les grandes puissances. L'empire romain allait jusqu'à la rive droite du Danube qui devint la frontière nord de l'Empire (Limes Romanus) au début de notre ère. Sur le site de Rusovce se trouvent les vestiges d'une ville romaine militaire (Gerulata), ainsi que des fragments d'autels et de pierres tombales.
La grande migration des peuples culmina avec l'arrivée des Slaves au 5ème et 6ème siècles. La première formation politique supérieure de la tribu en Slovaquie fut la principauté de Nitra avec à sa tête le prince Pribina siégeant dans la ville de Nitra.
En 883, après l'unification des principales tribus slovaque, se constitua l'Empire de la Grande Moravie sous l'autorité du souverain Mojmir 1er. La première mention de Bratislava dans les textes historiques remonte à 907 où elle est nommées Brezalauspurc.

Au cours du 10ème et 11ème siècles, ce territoire devint progressivement le siège de l'État de Hongrie. Au cours de plus d'un siècle, l'État de Hongrie naissant adopta de nombreux éléments du système politique de la Grande Moravie, il s'inspira beaucoup de sa culture et même de sa langue. Dans la seconde moitié du 11ème siècle, le roi de Hongrie Salomon résida au château.

En 1189 y séjourna Fridich I Barbarossa (Barbe Rousse), empereur romain et germanique, qui rassembla les participants de la 3ème croisade. Au 13ème siècle la ville naissante changea souvent de propriétaire.

En 1291, Mathias Tchak de Trencin, chef du comitat de Bratislava et de Trencin, chassa le duc Albrecht de Styrie et acquit la commune pour le roi de Hongrie. La même année, le roi André III attribua à la commune tous les privilèges municipaux qui garantissaient à la ville l'indépendance et l'autonomie avec le droit d'élire le bourgmestre, différentes exonérations et le droit au commerce libre. La situation avantageuse aida la ville à devenir, après les invasion turques, la capitale de la partie Habsbourg de la Hongrie en 1536.
Bratislava fut le siège de l'assemblée de la Hongrie et du pouvoir central.

En 1563, à la cathédrale gothique St Martin fut couronné le premier roi Maximilien II. Par ce fait, la ville devint ville du couronnement des rois et des reines de Hongrie. Jusqu'en 1830, la cathédrale fut l'église du couronnement. Au cours de plus de deux siècles y furent couronnés 10 souverains, 1 souveraine - Marie-Thérèse et 8 épouses royales. La période du règne de Marie Thérèse (1740-1780) fit considérablement avancer le développement de la ville.

Le 19ème siècle devint le témoin d'événement historiques importants. Après la bataille d'Austerlitz, Napoléon Bonaparte conclut en 1805, par l'intermédiaire de son représentant, le prince de Talleyrand, la "Paix de Presbourg" avec l'empereur autrichien. En 1809 son armée ouvrit le feu sur la ville à partir de la rive droite du Danube. Napoléon visita personnellement les alentours proches de la ville, s'étendant sur la rive gauche du fleuve. Un immense incendie détruisit en 1811 l'ensemble des bâtiments du château. Pendant plus de cent cinquante ans la ville fut surplombée par ses ruines. Au début du 19ème siècle, le séminaire de Bratislava, qui fut établi sur ces lieux, devint le centre des première tentatives de la législation de la langue slovaque littéraire, associées au nom d'Anton Bernolak. Les années 1830 virent le développement de la manufacture dans la ville et la mise en place de transports modernes. Sur le Danube naviguaient des bateaux à vapeurs capables de remonter le courant. Vers 1840 fonctionna le chemin de fer à chevaux, allant jusqu'à Trnava et plus tard jusqu'à Sered. Dix ans plus tard on voyageait avec le train jusqu'à Budapest. L'événement historique important dans la ville de Bratislava fut la session de l'assemblée des États de Hongrie en 1847-1848. A cette époque la ville comptait déjà environ 80 000 habitants.

1er janvier 1919 Bratislava devient partie intégrante de la nouvelle Tchécoslovaquie et ensuite elle fut proclamée capitale de la Slovaquie. Le nom de Bratislava commence à être utilisé au lieu de Pressbourg.
En 1968 est signé au château de Bratislava la Loi constitutionnelle sur la Fédération Tchécoslovaque.
Depuis le 1er janvier 1993 la Slovaquie figure dans le monde comme entité internationale indépendante sous le nom de République Slovaque. Bratislava est sa capitale.
A partir du château de Bratislava, on peut voir à l'oeil nu les sommets des Alpes. Au pied du château coule le Danube, deuxième fleuve d'Europe par sa longueur, témoin silencieux de l'histoire de cette ville pittoresque.