Le peuplement de la ville et ses environs date, sans interruption depuis le paléolithique. Les fouilles dans la commune de Harmanec et dans la grotte de Horna Tufna le confirment. Le minerai de cuivre y est extrait déjà au deuxième millénaire avant J.-C. La continuité du peuplement est maintenue aussi à des périodes ultérieures. A la charnière des premier et deuxième millénaires de notre ère, sur le territoire de la ville d'aujourd'hui, se trouvait un hameau slave, Bystricia. Ses habitants se consacraient à la chasse, à la pêche, à l'orpaillage, à l'extraction d'argent et de cuivre dans les mines à ciel ouvert.
L'invasion Tartare en 1241 signifie la destruction du hameau et la désertification de toute la région. Les privilèges octroyés par le roi Bela IV après l'invasion Tartare attirent les colons, notamment des pays allemands. Avec les anciens habitants, ils renouvellent la vie dans la ville et ses environs.
En 1255, la Nova villa Bystriciensis reçoit les grands privilèges de ville permettant aux immigrés allemands d'extraire aussi les métaux précieux. A partir de cette époque Banska Bystrica se développe et devient la ville la plus importante dans la région Pohronie. La ville et les hameaux avoisinants doivent leur développement à l'extraction de métaux précieux et, plus tard, aux métiers et au commerce qui se développent, tout cela suivi de la construction de la ville et des églises.
Sur la colline élevée de la Place Stefan Moyzes, les exploitants miniers bâtissent une église romane. Avec le temps, autour de l'église, ils construisent un ensemble comportant plusieurs bâtisses et de 1480 à 1510 le fortifient progressivement. Sur la place, actuellement Place du Soulèvement National Slovaque, apparaissent de grandes maisons bourgeoises, les bourgeois riches sont en contacts avec les villes importantes d'Europe, des corporations se constituent. Parmi les corporations celle des bouchers est la plus ancienne, fondée en 1443.
Vers la fin du 15ème siècle, Jan Thurzo, avec le commerçant d'Augsburg, Jacub Fugger, créent une société d'entrepreneurs, Ungarischer Handel. La société d'exploitation des mines Thurzo-Fugger n'a pas de concurrence sur le territoire de ancienne Hongrie. Elle possède de nombreuses mines, forges et forges à eau. Le cuivre extrait dans les environs de Banska Bystrica est destiné aux importants marché d'Europe de l'époque : Anvers, Nuremberg, Venise et aussi la Pologne, l'Autriche et l'Allemagne du sud. Les soulèvements contre les Habsbourg au 17ème siècle ont un impact défavorable sur le développement de la ville.
En 1620, le meneur d'un soulèvement, Gabriel Bethlen, est élu roi de Hongrie à Banska Bystrica.
Le 18ème siècle connaît le déclin de l'exploitation des mines et du traitement du cuivre, et voit se développer la sidérurgie. Dans les nombreux hameaux voisins, Jaraba, Hronec, Osrblie, Zlatno, Pohorelà, on ouvre des mines de minerai de cuivre, des hauts fourneaux et des ateliers de traitement du fer. Le développement des manufactures commence, la première manufacture de fabrication de drap apparaît à Banska Bystrica en 1725. A cette époque-là, l'enseignement religieux, la culture atteignent un niveau élevé, l'éducation générale est répandue.

En 1776, Banska Bystrica devient le siège de l'Evêché catholique romain et, vers la fin du siècle, le siège du Comitat. Un rôle important est joué par la ville de Banska Bystrica dans la lutte pour la formation de la nation slovaque au 19ème siècle. A cette époque-là, la ville devient le centre de l'enseignement en langue slovaque, alors qu'au lycée catholique enseignent professeur tchèques et slovaques.
Dans la deuxième moitié du 19ème siècle, le commerce et l'industrie se développent dans la région. De grandes usines apparaissent, ayant une place importante dans l'économie de l'Autriche-Hongrie. L'une d’entre elles est l'usine à papier dans la commune proche de Harmanec qui amorce déjà sa production en 1829. Seize ans plus tard, une usine sidérurgique se construit à Podbrezova, aujourd'hui elle compte parmi les plus importantes usines sidérurgique de Slovaquie.
La concentration de la production amène la disparition des petits ateliers, des hauts fourneaux, des forges à eau et des ateliers métallurgiques dans les communes avoisinantes.
La naissance de la Tchécoslovaquie en 1918 signifie pour toute la région de Banska Bystrica le développement de la vie nationale, culturelle et économique. Grâce à sa position centrale et stratégique, pendant la seconde guerre mondiale, Banska Bystrica devient le centre le plus important du soulèvement armé contre le fascisme, le Soulèvement National Slovaque. Après son éclatement, le 29 Août 1944, Banska Bystrica, durant deux mois, est le siège du Conseil National Slovaque, des autorités militaires et politiques de la résistance slovaque auquel ont participé les partisans venus de nombreux pays d'Europe. La radio, 'Antenne Slovaque Libre', émet également de Banska Bystrica. Après la guerre, la ville devient le centre économique, culturel et universitaire de la Slovaquie Centrale.