Grâce à sa position favorable, la Région de Trnava était déjà habitée pendant les plus anciennes époques de l’histoire humaine, ce que nous prouvent de nombreuses fouilles archéologiques qui datent du paléolithique, de l’âge du bronze et latène.
Une terre fertile un peu élevée protégeait des inondations et un régime favorable des eaux souterraines remplissaient toutes les conditions élémentaires pour fonder des cités stablement habitables.
Les Slaves les peuplaient à partir du 6éme siècle nous laissant des récipients de type pragois. Un important site et quelques tombes nous sont restés de l’époque de la Grande Moravie, le premier Etat des Slaves occidentaux formé au 9e siècle. Les plus anciennes trouvailles du Moyen Age ont été découvertes en plein centre historique de la ville (des dépôts de pièces d’argent ont été trouvés près de l’église, de la céramique, etc.)
La ville s’est developpée à partir d’un village situé au carrefour de deux routes commerciales dont l’une était via Regni Bohemiae qui reliait les pays Tchèques à la Hongrie et l’autre la Pologne à la Méditerranée. C’est probablement là que s’arrêtaient les caravanes marchandes pour l’échange de marchandises.
Le document Zoborska listina (acte de Zobor) datant de 1113 nous prouve l’existence de sites dans la région de Trnava. Ce document, l’un des plus anciens de Slovaquie, élaboré dans le monastère de Zobor près de la ville de Nitra, se rapportait à l’etat des fortunes du couvent.
La ville n’est mentionnée dans les documents que plus tard, de 1205 à 1211 en relation avec les revenus de l’eglise Saint Nicolas. Parmi les villes slovaques, Trnava a été la première à bénéficier du privilège de la ville royale libre en 1238 grâce au roi Hongrois Belo IV.
Au cours de la première moitié du 13e siècle, on a commencé à construire une fortification composée de remparts avec quatre portes, de bastions et de douves.
A la fin du 13e siècle et au début du 14e siècle, la ville connu un grand essor économique.
Son importance grandit encore au 16e siècle, quand l’archiépiscopat d’Esztergom, fuyant les turques, l’a choisi pour son siège en 1541. Le Chapitre y est resté pendant près de 300 ans. Trnava est donc devenue un centre de la vie religieuse, sociale et culturelle et politique de la Hongrie.
En 1554, l’archevêque Mikulas Olah publie les célèbres Articles de l’école de Trnava, qui avaient pour but la remise du titre de Bachelier. Il a été aussi l’initiateur et fondateur d’un séminaire.
En 1577, la première imprimerie a été fondée sur le territoire de la ville. Le 17e siècle représente une étape importante dans l’évolution de la ville. En 1635, le cardinal Peter Pazmany a fondé l’Université de Trnava. Au début, elle ne comptait que deux facultés : celle des Lettres et celle de Théologie, plus tard (en 1667) la faculté de Droit suivie par la faculté de Médecine ont été ajoutées. L’ouverture de ces facultés situait l’université de Trnava au poste de plus important établissement scolaire sur le territoire de la Slovaquie actuelle. Même si elle n’a fonctionné que 142 ans (par ordre de Marie-Thérèse elle a été déplacée à Buda), elle a énormément contribué au développement de l’éducation du peuple slovaque en particulier. Son rôle principal a été de formé les prêtres catholiques dans un pays majoritairement protestant. Ses orientations scientifiques se sont développées pendant les dernières années de son existence, pendant la deuxième moitié du 18e siècle. A cette époque là, 50% des professeurs étaient slovaques. L’université avait une imprimerie, qui a publié plus de 5 000 titres, un observatoire, des archives, une riche bibliothèque, de précieuses compositions musicales, un jardin botanique, une pharmacie et autres.
A la fin du 18e siècle, Anton Bernolak (1762-1813), un important linguiste a codifié les premières règles de la langue littéraire slovaque basées sur le dialecte de la Slovaquie de l’ouest. Se laissant conduire par cet éveilleur national, les Compagnons érudits slovaques ont commencé à activer la vie culturelle des slovaques.
Un autre développement a été observé dans la deuxième moitié du 19e siècle. Le chemin de fer, d’abord hippomobile, plus tard à vapeur (1846) a relié la ville de Trnava à Bratislava. Plusieurs usines ont été construites. Comme la première, une sucrerie (1868) avec plus de 380 ouvriers, elle était la plus importante de Hongrie. Dans la ville se trouvait aussi une malterie (1869). En 1900, une usine à gaz a été bâtie pour approvisionner des usines, des familles et l’éclairage public.
L’entreprise Figaro, producteur de chocolat jusqu’à nos jour, y a été ouverte en 1907. L’industrie n’a employé à cette époque qu’une petite partie de la population. La situation a changé seulement avant la fin de la première guerre mondiale, après la construction des usines Coburg et grâce à sa production militaire. Cette entreprise était la plus importante de la région et la seule à utiliser le courant électrique.
Trnava a été une des premières villes slovaques à avoir mis au point en 1921 un plan de régulation d’urbanisation de la ville. Il n’a été réalisé qu’après la fin de la seconde guerre mondiale.
Après la libération (1er Avril 1945), on a construit plusieurs cités, malheureusement, l’architecture moderne a aussi négativement touché le centre ville.
Trnava actuelle est une ville moderne avec une infrastructure effective. La ville n’est pas seulement un centre administratif et social, mais aussi un centre culturel et d’instruction : outre l’Université de Trnava, plusieurs bureaux détachés des autres universités s’y sont installés. On peut y trouver une scène de théatre permanente, un musée et depuis 1978, le siège de la province ecclésiastique de Bratislava-Trnava.
La ville est aussi un centre sportif bien connu en Slovaquie.