En 1265, située au confluent de la Vltava et de la Masle, cette ville fut fondée par Otakar II qui y fit construire un monastère dominicain. Au 14e siècle la cité devint centre commercial de la Bohême du Sud. En 1358 Charles IV conféra à Ceské Budejovice de nombreux privilèges, parmi eux, le droit d’étape. Au 16e siècle la ville occupa par sa population la 3e place après Prague et Plzen. En 1785 on lui conféra le siège épiscopal. Ce ne fut qu’en 1855, après l’achèvement de la ligne de chemin de fer tiré par des chevaux (le premier d’Europe) entre Linz et Ceské Budejovice (les chevaux furent remplacés seulement en 1871), que la ville reprit quelque importance. Aujourd’hui la ville est un centre industriel bien connu pour ses brasseries.
Au milieu de la vieille ville classée monument historique se trouve la place centrale, Premysla Otakara II avec la fontaine de Samson. De nombreuses maisons à galeries couvertes qui datent en partie du 13e siècle encadrent cette place. L’Hôtel de Ville (1727-1731) est construit en style baroque ainsi que la palais épiscopal. La Tour Noire en style renaissance (1550-1577) offre une vue magnifique sur la ville et ses environs. La Cathédrale Saint Nicolas qui était un bâtiment en style gothique fut remaniée au 17e siècle (1649). Il faut encor citer les maisons où l’on prépara de la viande (16e siècle), la maison à salin (13e siècle) et les vestiges de la fortification médiévale comme par exemple le bastion de la queue d’hirondelle. La ville abrite également l’Université de la Bohême du Sud, un observatoire, un planétarium et un intéressant musée conservant des collections ethnographique, minéralogiques, archéologiques. Le musée présente également des expositions consacrées au mouvement hussite qui, au 15e siècle, marqua tout le pays.